La agricultura convencional tiene prácticas perjudiciales para el medio ambiente tales como la quemas de los restos de cosecha y el laboreo de inversión (volteo de suelo), que se lleva a cabo para controlar las malas hierbas y preparar el lecho de siembra. Dichas técnicas incrementan considerablemente la erosión y la compactación del suelo, a la vez que contaminan las aguas superficiales con sedimentos, fertilizantes y pesticidas. Además, se disminuye el contenido en materia orgánica y la fertilidad del suelo, y se aumenta la emisión de CO₂ a la atmósfera, contribuyendo así al calentamiento global del planeta, entre otros graves efectos (por ejemplo, disminución de la biodiversidad).

La degradación de los suelos agrarios debido a los procesos de erosión y compactación es posiblemente el principal problema medioambiental causado por la agricultura convencional. La intensificación de la agricultura convencional (aumento de la mecanización y del laboreo del suelo) en los últimos 50 años ha contribuido en gran medida a agravar el riesgo de desertificación de las zonas más vulnerables. La erosión de los suelos agrarios tiene una considerable incidencia económica negativa sobre la producción agrícola y sobre las infraestructuras/obras públicas próximas a las zonas agrícolas afectadas (corrimientos de tierras en carreteras, colmatación de embalses, entre otros).

Las prácticas de agricultura convencional contribuyen al deterioro de la calidad de las aguas superficiales. Los sedimentos de los suelos agrícolas erosionados que se transportan en las aguas de escorrentía son el contaminante más importante de éstas. Además, debido a la quema del rastrojo y el laboreo intensivo del suelo, se producen emisiones extras de dióxido de carbono (CO₂) a la atmósfera y se reduce la capacidad de almacenamiento en el suelo de carbono ( C ). Esto se traduce en una disminución de su materia orgánica y por otro lado en un aumento del calentamiento global de la tierra.

La biodiversidad se reduce considerablemente en la agricultura convencional puesto que en ésta el suelo permanece desnudo durante largos periodos de tiempo, sin suministrar alimento ni cobijo para gran parte de la fauna en periodos críticos de su desarrollo.

Por último, el laboreo convencional supone una menor rentabilidad económica ya que las labores del suelo requieren elevadas inversiones en adquisición y mantenimiento de maquinaria agrícola, combustible y mano de obra.